原子吸收霧化器由兩個器件組成；一個是在說明書中稱為原子化器，俗稱“噴嘴”的器件；另一個是撞擊球器件；其實霧化器工作狀態的好壞直接決定了樣品的提升量及霧化效率。
原子吸收霧化器的構造是由一個聚四氟乙烯腔體和一根鉑金管組成；鉑金管安裝在腔體正中央，它的出口與腔體出口形成兩個同心圓，管子的內管流通樣品溶液；管子外壁與腔體出口形成的環狀縫隙流通空氣（也稱原子化氣）。當原子化氣供給時，在鉑金管口形成一個很強的負壓，于是溶液在外部大氣壓的作用下產生虹吸現象被強行提升到鉑金管中并形成一股強大的水霧噴射出。
由于樣品處理及過濾效果不好，物理顆粒和試劑成分往往將鉑金管腔堵塞，直接影響到樣品的提升量減少甚至不吸樣，此現象通過進樣毛細管可以觀察到。使用原子吸收霧化器附帶的通絲即可解決。
使用通絲時一定注意從入口一次性穿入清通，不能往返拉鋸式清通，否則會將鉑金口拉豁形成梅花狀使水霧偏離軸心，降低霧化效率，這種故障發生率較高，是用戶誤操作所致。
另有一種隱性堵塞故障不易被發現；當發生堵塞后用通絲清通無效時，用戶往往束手無策。其實質是空氣中的油污將環狀縫隙部分或全部堵塞，造成不能產生虹吸現象。
判斷方法是：將原子吸收霧化器條件的火焰方式改為“僅用空氣”按下點火鈕后（此時確保無火焰點燃）取出噴嘴，將毛細管插入水中觀察水霧噴射有無或狀態。解決方法是：將噴嘴移到水池邊，用吸耳球吸滿10％的硝酸并從噴嘴空氣入口注入，反復幾次后再用蒸餾水充分沖洗。
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